Beinahe 25% der Fläche Ugandas sind Gewässer. Der Löwenanteil davon entfällt auf die großen Seen. Die östliche Grenze zu Kenia und Tanzania bildet der Victoria See, der größte See des Kontinents. Die anderen großen Seen füllen die Senken des ostafrikanischen Bruchgrabens an der westlichen Grenze des Landes. Die größten von ihnen, wie Lake Albert, Lake George und Lake Edward, sind allesamt durch Flüsse und Kanäle miteinander verbunden. Auf dem Gebiet von Uganda befinden sich auch die Nilquellen. Der längste Fluss der Welt entspringt aus dem Victoria See und fließt zuerst als sog. Victoria-Nil Richtung Nordwesten in den Lake Albert. Von dort, dem Verlauf des Ostafrikanischen Bruchgrabens folgend, ändert er seine Richtung und fließt als sog. Albert-Nil, im weiteren Verlauf der Weiße Nil genannt, fast geradlinig nach Norden. Im Sudan fließt dann der Weiße Nil mit dem in den Bergen Ethiopien entspringenden Blauen Nil zusammen. An vielen Stellen des Landes sind noch ausgedehnte, mit Papyrus-Pflanzen bewachsene Feuchtgebiete anzutreffen. Sie beheimaten eine reiche Fauna und Flora. Zu den seltensten Wasservögeln gehört der Schuhschnabelstorch. Große Seen und Flüsse sind die Heimat der Nilpferde und Krokodile.